Según el organigrama institucional, el ICIQ se estructura en dos grandes áreas: Investigación, bajo la dirección del Prof. Emilio J. Palomares Gil, y Gestión, liderada por la Dra. Imma Escofet.
Esta área comprende 19 grupos de investigación independientes, cada uno encabezado por un investigador principal. Además, cuenta con la participación de dos investigadoras asociadas y dos líderes de grupo junior. Asimismo, integra el Departamento de Transferencia de Conocimiento y Tecnología y Proyectos Industriales (KTT), encargado de promover la colaboración con el sector industrial y de facilitar la aplicación práctica de los avances científicos.
La gestión se articula en tres departamentos principales: Tecnologías de Caracterización, Tecnologías de Reacción y el Departamento Financiero. A estos se suman seis unidades de apoyo, centradas en funciones clave como Proyectos de Investigación y Colaboraciones Internacionales, SHEQ (Seguridad, Salud, Medio Ambiente y Calidad), Recursos Humanos, Mantenimiento, Informática, así como Impacto, Comunicación y Estrategia.
Esta estructura organizativa asegura una gestión eficiente y un entorno de investigación de excelencia, con una marcada orientación hacia la innovación y la transferencia del conocimiento.
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